厦门市海沧区档案馆成立于2004年3月，同年10月加挂厦门市海沧区档案局牌子，实行“局馆合一”的管理模式。2013年5月更名为厦门市海沧区档案局，保留厦门市海沧区档案馆的牌子。2019年2月底机构改革，将区档案局（区档案馆）承担的行政职能划入区委办公室，对外保留区档案局牌子，海沧区档案馆作为区委直属参公事业单位。

海沧区档案馆是集档案安全保管基地、档案利用服务中心、政府信息公开中心、爱国主义教育基地、电子文件管理中心于一体的现代综合档案馆，2008年被评定为“国家二级档案馆”，2020年被确定为“海沧区青少年校外实践基地”。

2021年6月，海沧区档案馆新馆建成投用，馆库面积约6800平方米，各类档案库房、功能房及相关设施设备齐全。海沧区档案馆藏有一定数量的碑刻、书画、地图、瓷器等重要实物档案及福建方志、闽台族谱、南洋侨批等富有鲜明地域特色的珍贵档案。馆藏档案涵盖文书、婚姻、公证、侨房、知青、征地、会计等20多个门类，7万余卷（件），各类资料约6500册。